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Seminários - 02/12/16 - 14h

Data: 02 de dezembro de 2016

Local: Sala AT 15/28 - Prédio CIC/EST - térreo

Horário: 14h

Palestrante: Guilherme Vergara (mestrado)

Título: Controlador de Elasticidade para Nuvens Federadas: um Estudo de Caso na Plataforma BioNimbuZ

Resumo: Com a constante evolução das aplicações, surgiu a necessidade de se ter um ambiente onde fosse possível processar aplicações de forma dinâmica, escalar e sob demanda, na qual a medida em que a aplicação cresce e necessita de mais recursos, o ambiente de forma automática provê os recursos, surgindo assim a plataforma de computação em nuvem, onde os recursos são alocados conforme a demanda de utilização necessária. Para que seja possível esse aumento escalar e sob demanda, surge o conceito da elasticidade. A elasticidade é uma das características fundamentais em um ambiente de computação em nuvem, uma vez que existem muitas aplicações que aumentam no decorrer do tempo necessitando mais poder de processamento e até mesmo mais espaço para armazenar arquivos gerados pela aplicação. Este trabalho trata do problema da elasticidade no BioNimbuZ, o qual é uma infraestrutura de nuvens federadas para aplicações de bioinformática. Assim propõem-se um módulo de elasticidade a ser implementado na infraestrutura, para que o ambiente consiga prover recursos de forma automática e transparente, garantindo que quando for adicionado uma carga superior da suportada pelo BioNimbuZ, o sistema possa gerenciar os recursos de forma inteligente.

Horário: 14h30

Palestrante: Breno Rodrigues de Moura (mestrado)

Título: Controlador de SLA em Nuvens Federadas

Resumo: Com a disputa cada vez mais forte por consumidores que utilizem serviços em nuvens, ofertas de serviços surgem cada vez mais acirradas para conquistar o público consumidor desse mercado. Para garantir que esses provedores de serviços em nuvens cumpram o que estão ofertando existem contratos que são assinados entre as partes envolvidas, o chamado Acordo de Nível de Serviço (Service Level Agreement - SLA). Neste cenário, para melhor atender os usuários de infraestrutura de nuvens federadas, este trabalho propõem a implementação de um controlador de SLA capaz de gerenciar os acordos de níveis de serviços entre as nuvens federadas e os usuários das arquiteturas, de forma dinâmica, automática, transparente e simples.

Horário: 15h

Palestrante: Emerson de Araujo Macedo (doutorado)

Título: Simulação de Enovelamento de Proteínas com Enterramento Atômico em Ambientes Heterogêneos de Alto Desempenho

Resumo: A função biológica que uma proteína desempenha em nosso organismo está relacionada com sua estrutura nativa, ou seja, a configuração 3D funcional da sua molécula. Uma proteína assume essa configuração funcional através de um processo chamado de enovelamento proteico. Duas questões que envolvem a pesquisa sobre o problema do enovelamento de proteínas são: (i) qual é o código físico do enovelamento, isto é, como as propriedades físico-químicas codificadas na sequência de aminoácidos (estrutura 1D primária) determinam a estrutura 3D nativa? (ii) é possível desenvolver uma solução computacional que permita predizer a estrutura 3D nativa a partir estrutura 1D primária. O enterramento atômico é uma hipótese para responder à primeira questão. Trata-se de uma medida relacionada a propriedades como o efeito hidrofóbico e as pontes de hidrogênio e indica a distância física de cada átomo da proteína ao centro geométrico de sua estrutura 3D nativa. Sabe-se que este enterramento atômico possui informação suficiente para se determinar a estrutura 3D nativa de pequenas proteinas globulares. A simulação de dinâmica molecular (MD, Molecular Dynamics, em inglês) é um método computacional que auxilia tanto o processo experimental de determinação dessas estruturas quanto a pesquisa e projeto de novos fármacos para tratar doenças relacionadas, como Alzheimer e Parkinson. A simulação MD é utilizada tanto no estudo do código físico do enovelamento quanto na predição de estruturas proteicas. Porém, o algoritmo de simulação MD exige um alto custo computacional para modelar o enovelamento proteico. Neste contexto, a computação de alto desempenho pode ser utilizada para viabilizar a simulação MD de enovelamentos de proteínas grandes e simular eventos biológicos de interesse, tais como ataques a vírus HIV. Nessa apresentação, mostrarei uma solução de alto desempenho para a simulação MD do enovelamento proteico, chamada NAMD, e como pretende-se utilizá-la para auxiliar na pesquisa sobre o enterramento atômico.

Organizadora: Profa Célia Ghedini Ralha (O endereço de e-mail address está sendo protegido de spambots. Você precisa ativar o JavaScript enabled para vê-lo.)

Coordenadora dos Seminários de Pós-Graduação Informática 2016-2