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Seminários - 05/05/17 - 14h

 

Local: Sala Multiuso CIC 

Horário: 14h

Palestrante: José Pergentino de Araújo Neto (doutorado)

Título: Framework Orientado a Agentes para Tolerância a Falhas Multiestratégica em Nuvem Computacional com Instâncias Transientes

Resumo: Provedores de serviço em nuvem computacional vem adotando um modelo que oferece os recursos ociosos de suas máquinas virtuais (VMs) por um valor consideravelmente mais baixo, sem oferecer a garantia da sua disponibilidade. Conhecido como instâncias transientes, estas VMs podem ser revogadas de acordo com o modelo estabelecido por cada provedor. Na Amazon, que define o valor baseado em um modelo de mercado que sofre variações de acordo com a oferta e procura, o usuário dá um lance e tem sua instância revogada quando ele é ultrapassado pelo valor de leilão. Utilizando um modelo que não sofre variação nos preços, o Google pode revogar o acesso à instância indisponível sem aviso prévio. Para evitar perda de processamento quando uma instância é revogada, torna-se necessária a aplicação de técnicas de tolerância a falhas (TF), muitas vezes não dominadas pelos projetistas. Neste sentido, este trabalho de pesquisa propõe um framework baseado em agentes inteligentes para execução de aplicações distribuídas do tipo bag-of-tasks, escolhendo o provedor e a técnica de TF mais adequados para minimizar os impactos na presença de falhas de revogação. Esta abordagem, que utiliza técnicas de replicação, retry e checkpoint/restore, possibilita a criação de um ambiente que oferece a garantia de execução e recuperação, sem perda de dados, para que aplicações dessa natureza possam aumentar o nível de confiabilidade.


Horário: 14h30

Palestrante: Luiz Augusto Garcia (doutorado)

Título: Using Algebra to solve the Transposition Distance Problem

Resumo: In nature, genomes of some species are affected by mutational events involving large portions of DNA. One of these is the transposition, which consists in the position exchanging of two adjacent blocks of genes in a chromosome. This event generates the Transposition Distance Problem (TDP), which consists of finding the smallest number of transpositions required to transform one chromosome into another, modeled as permutations in S n . The TDP is a NP-hard problem. In this work, we show an 1.375-approximation algorithm for TDP that, in contrast with Elias and Hartman, does not require the transformation of permutations into simple ones, which are a subset of S_n . Based on this result, we will also present a new upper bound for the transposition diameter T D(n), that represents the maximum transposition distance in S_n. Differently from the classical graph-based approach used for solving the TDP, these results were obtained using an algebraic formalism based on Permutation Groups.

 

Horário: 15h

Palestrante: Hugo Wruck Schneider (doutorado)

Título: A Support Vector Machine based method to distinguish long non-coding RNAs and protein coding transcripts

Resumo: In recent years, a rapidly increasing number of RNA transcripts have been generated by thousands of sequencing projects around the world, creating enormous volumes of transcript data that has to be analyzed. An important problem to be addressed is discriminating non-coding RNAs (ncRNAs) and protein coding transcripts (PCTs). Among ncRNAs, long ncRNAs (lncRNAs), often defined as transcripts with length of more than 200 nucleotides and no apparent coding protein capacity, are still poorly understood. Here, we present a machine learning method to distinguish lncRNAs and PCTs, using attributes from their primary structures, chosen with the support of Principal Component Analysis (PCA), as well as characteristics of ORF lengths of the transcripts. PCA was used to find the frequencies of nucleotide patterns with higher PCA loadings within the dataset of a reference transcript data, and Support Vector Machine (SVM) allowed to create the model to distinguish lncRNAs and PCTs. This method was applied to four case studies, with human, mouse and zebrafish data, and validated with other organisms. This work aims to present a SVM based model to discriminate lncRNAs and PCTs. In more details, the frequencies of the nucleotide patterns in dataset of a reference transcript data are identified by PCA, and used together with ORF length and ORF relative length, to train and test the SVM model. We trained and tested this method with human, mouse and zebrafish data. Furthermore, we validated the model with other organisms, and with pseudogenes of human and mouse.

 

Horário: 15h30

Palestrante: Reno Medeiros Dantas (mestrado)

Título: Transformação de programas para suportar a evolução da linguagem Java

Resumo:Considerando a literatura de engenharia de software, tem sido reportado  que os custos mais altos de desenvolvimento estão relacionados com as atividades de manutenção de software. De forma  frequente, os sistemas precisam se adaptar às inovações negociais e  tecnológicas. Similarmente, as linguagens de programação passam por um processo de evolução contínua - conforme as capacidades e limitações de uma linguagem são melhor compreendidas,  novas construções de linguagem são definidas e propostas. Todavia, quando um novo recurso estende ou modifica uma construção de linguagem, com o intuito de melhorar a facilidade de entendimento, manutenabilidade ou eficiência,  recursos linguísticos anteriores passam a ser considerados obsoletos. Nesse sentido, a coexistência  de construções novas e legadas em uma linguagem tende a aumentar a complexidade de manutenção  dos sistemas existentes, bem como dificulta o aprendizado por parte dos desenvolvedores, que precisam conhecer estratégias diferentes para resolver problemas. Este trabalho tem como objetivo explorar  o uso de suporte ferramental para apoiar técnicas de transformação de  programas, com o intuito de adaptar sistemas legados para usar construções mais  recentes de uma linguagem de programação.

Organizadora: Profa Célia Ghedini Ralha (O endereço de e-mail address está sendo protegido de spambots. Você precisa ativar o JavaScript enabled para vê-lo.)

Coordenadora dos Seminários de Pós-Graduação Informática 2017-1