Seminários PPGInf 06/05/16 - 14h - Sala Multiuso CIC
Palestrante: Hugo Schneider (orientadora: Prof. Maria Emília M. T. Walter)
Título: Finding long ncRNAs with Support Vector Machine
Resumo: Na minha apresentação vou falar um pouco do que são long ncRNAs, o que existe até hoje para identificação de ncRNA e lncRNAs, o método e meus resultados.
Palestrante: Ana Cristina R. Oliveira (orientador: Prof. Mauricio M. Ayala-Rincon)
Título: Intersection Types for Nominal Terms
Resumo: Nominal systems are an alternative to deal with variable binding using first order logic and names, in a natural way, instead of indices, as done in explicit substitutions calculi. In this context, alpha-equivalence, that is equivalence between terms modulo renaming of bound object-level variables (atoms), is decidable under some side conditions, namely freshness conditions, via deductive rules. Moreover, nominal alpha-unification is also decidable using only first-order logic techniques and it was proven to be in O(n2). Type systems have been used to guarantee several levels of consistency and soundness for logical and computational specifications for more than a century; in particular, intersection types have been studied for almost forty years and some good properties were proved for them as, for instance, characterisation of strong normalisation and of solvability and existence of principal typings in the higher-order approach of lambda calculus. In the nominal syntax, some type systems were analysed as simple, polymorphic and dependent type systems. In this talk we are going to present a work in progress that extends this study of types for the nominal syntax, providing an adapted version of an intersection type system and presenting the main properties that are valid in the nominal approach such as soundness of operations of lifting, substitution and expansion over typings, a typing generation lemma, equivariance of typings under permutation of names and the preservation of typings to alpha-equivalent terms.
Palestrante: Emerson Macedo (orientadora: Prof. Alba C. M. A. Melo)
Título: Simulação de Enovelamento de Proteínas com Enterramento Atômico em Ambientes Heterogêneos de Alto Desempenho
Resumo: A função biológica que uma proteína desempenha em nosso organismo está relacionada com a configuração 3D funcional da sua molécula (estrutura nativa). Uma proteína assume a configuração 3D através de enovelamento proteico. Nesse contexto, duas questões importantes são: (i) qual é o código físico do enovelamento, i.e., como as propriedades físico-químicas codificadas na estrutura 1D determinam a estrutura 3D nativa? (ii) é possível desenvolver uma solução computacional que para prever a estrutura 3D nativa a partir da estrutura 1D? O enterramento atômico é uma hipótese para responder à questão (i) considerando o efeito hidrofóbico e pontes de hidrogênio e indicando a distância física de cada átomo da proteína ao centro geométrico de sua estrutura 3D. A simulação de dinâmica molecular (MD) é um método computacional que auxilia o processo de determinação das estruturas 3D, sendo utilizada tanto no estudo do código físico do enovelamento quanto na predição de estruturas proteicas. Como os algoritmos de simulação MD possuem alto custo computacional, a computação de alto desempenho é normalmente utilizada. Nessa palestra, apresentarei a solução de alto desempenho NAMD para a simulação MD do enovelamento proteico e mostrarei como a mesma pode ser usada na pesquisa de enterramento atômico.