Local: Sala Multiuso CIC

Horário: 14h

Palestrante: Emerson de Araujo Macedo (doutorando)

Título: Simulação de Enovelamento de Proteínas com o NAMD-B

Resumo: A função biológica que uma proteína desempenha em nosso organismo está relacionada com sua estrutura nativa, ou seja, a configuração tridimensional (3D) funcional da sua molécula. Uma proteína assume essa configuração 3D através de um processo chamado de enovelamento. Duas questões que envolvem a pesquisa sobre o problema do enovelamento de proteínas são: (i) qual é o código físico do enovelamento, isto é, como as propriedades físico-químicas codificadas na sequência de aminoácidos, sua configuração geométrica unidimensional (1D), determinam a configuração 3D nativa? (ii) é possível desenvolver uma solução computacional que permita predizer a configuração 3D nativa a partir de sua configuração 1D primária? O enterramento atômico é uma hipótese para responder à primeira questão. Trata-se de uma medida relacionada a propriedades como o efeito hidrofóbico e as pontes de hidrogênio e indica a distância física de cada átomo da proteína ao centro geométrico de sua estrutura 3D nativa. Sabe-se que este enterramento atômico possui informação suficiente para se determinar a configuração 3D nativa de pequenas proteínas globulares. A simulação de dinâmica molecular (MD, Molecular Dynamics) é um método computacional que auxilia tanto o processo experimental de determinação de estruturas de proteínas quanto a pesquisa e projeto de novos fármacos para tratar doenças relacionadas, como Alzheimer e Parkinson. A simulação MD é utilizada no estudo do código físico do enovelamento (i) e na predição de estruturas protéicas (ii). Porém, o algoritmo de simulação MD exige um alto custo computacional para modelar o processo de enovelamento de uma proteína. É neste contexto que a computação de alto desempenho é utilizada para viabilizar a simulação MD de enovelamentos de proteínas consideradas grandes e de eventos biológicos de interesse, tais como ataques a vírus HIV. Nessa apresentação, mostrarei uma solução de alto desempenho para a simulação MD, chamada NAMD, e como adaptá-la para auxiliar na pesquisa sobre o efeito do enterramento atômico no enovelamento de proteínas.

Horário: 14h30

Palestrante: Jefferson Chaves Gomes (mestrado)

Título: Mecanismo de Tolerância a Falhas em Ambientes de Federação de Nuvem Computacional

Resumo: A computação em nuvem é tipicamente caracterizada por hospedar sistemas de larga escala, que apresentam comportamento dinâmico e escalável devido à sua grande oscilação de carga de trabalho. Porém, a influência dessas características afetam diretamente a dependabilidade e a segurança de sistemas implantados em ambientes de nuvem. Atualmente, com o objetivo de obter maior poder computacional ou maior capacidade de armazenamento, muitos usuários estão migrando do modelo de nuvem única para o modelo de nuvem federada, pois neste modelo há a combinação de mais de um provedor de nuvem, o que possibilita o não compartilhamento da mesma infraestrutura, arquitetura ou localização geográfica. Em geral, o modelo de federação de nuvens é utilizado para estender ou potencializar a capacidade de sistemas em nuvem computacional. Todavia, o fornecimento de serviço confiável dentro de uma federação de nuvens, que depende da orquestração de várias nuvens para fornecer os serviços, continua a ser um problema não resolvido. Diante deste contexto, a proposta deste trabalho é implementar um framework de tolerância a falhas para plataformas de nuvens federadas, que possibilite a detecção e a recuperação proativa e reativa de falhas de forma dinâmica, automática e parametrizável. A parametrização proposta visa flexibilizar aos usuários finais, o nível de tolerância a falhas desejado, possibilitando que o mesmo otimize de acordo com sua necessidade, os custos necessários para tolerar falhas em seu modelo de negócio. Como estudo de caso, foi utilizada a plataforma de federação de nuvem BioNimbuZ.

Horário: 15h

Palestrante: Vitor Filincowsky Ribeiro (doutorando)

Título: Conflict Detection and Resolution for 4D-EFP Air Navigation using n-person Bargaining Methods

Resumo: The main goal in Performance Based Operations is the management of flight trajectories in order to optimize the operating capability of the aircraft, reducing fuel burn and emissions during each flight phase. At the same time the maximization of airspace efficiency/capacity needs to be addressed considering local airspace requirements and constraints. The en-route coordination task can be viewed as a scenario in which several aircraft issue their desired routes to ATC, which should eliminate eventual conflicts and grant a fair cost propagation to the aircraft. It is proposed a 4D-compliant framework that uses the Aircraft Intent Description Language (AIDL) in order to build the trajectories. Furthermore, heuristic models are used to adjust specific parameters in the provided trajectories. The result is a valid, conflict-free trajectory set that allows each aircraft to perform its near-optimum cost-efficient flight path through space and time.

Horário: 15h30

Palestrante: Fernanda Hondo Tedesque (mestranda)

Título: Proveniência de Dados em Ambiente de Computação em Nuvem

Resumo: Workflows científicos de projetos da Bioinformática, executados em ambientes distribuídos como nuvens computacionais, podem ser executados diversas vezes, com diferentes parâmetros e entradas, por diferentes equipes, em localizações geográficas distintas e podem produzir diferentes dados como resultado. Tanto os dados produzidos, nas fases do workflow, quanto sua proveniência necessitam ser armazenados com eficiência para que futuras execuções e análises sobre esse mesmo experimento possam ser feitas. Considerando este cenário, o problema que este trabalho busca solucionar é desenvolver uma solução que permita capturar e armazenar dados de proveniência de execuções distribuídas de workflows científicos utilizando o Hadoop para gerenciar as execuções distribuídas dos workflows e o modelo PROV-DM no armazenamento da proveniência.

Profa Célia Ghedini Ralha (Este endereço de email está sendo protegido de spambots. Você precisa do JavaScript ativado para vê-lo.)

Coordenadora dos Seminários de Pós-Graduação em Informática 2017-2