Horário: 14h
Palestrante:Prof.aDr.aMaria Emilia Machado Telles Walter (DPI/UnB)
Título: Bioinformática e Ciência na UnB
Resumo: A Professora Maria Emilia, pesquisadora do PPGI na área de Bioinformática e Biologia Computacional, atuando como Decana de Pesquisa e Inovação (DPI) na UnB, vai falar sobre Ciência na UnB, considerando políticas relativas à pesquisa e à inovação, visando a estimular e a fomentar o crescimento, a disseminação e a internacionalização da pesquisa e da inovação na universidade, tendo como referência a qualidade e a relevância para cumprir o papel da geração de conhecimentos e da formação de recursos humanos de alto nível, assegurando a melhoria na qualidade de vida das pessoas.
Horário: 15h
Palestrante:Prof.aDr.a Alba Cristina Magalhães Alves de Melo (CIC/UnB)
Título: Comparação Paralela de Sequências Biológicas em placas gráficas e na nuvem AWS
Resumo: A comparação de sequências biológicas é uma tarefa rotineira em laboratórios de Bionformática e, devido ao grande número de sequências comparadas e/ou ao tamanho das sequências, requer processamento paralelo para se executar em tempo hábil. Na palestra, iremos apresentar a nossa arquitetura MASA (Multiplatform Architecture for Sequence Aligners), com foco na ferramenta MASA-CUDAlign. O MASA-CUDAlign foi utilizado para alinhar sequências longas de DNA, com até 249 milhões de caracteres, em um cluster de 512 GPUs (placas gráficas) NVidia V100, obtendo o resultado ótimo em 11 minutos conseguindo, assim, o melhor desempenho da literatura atualmente. Iremos discutir as principais características inovadoras da versão mais recente do MASA-CUDAlign: execução paralela em frente-de-onda no formato paralelogramo, especulação incremental, poda de blocos e estratégias de balanceamento baseadas em score-share. Mostraremos resultados de desempenho em clusters homogêneos e heterogêneos de GPUs. Ao final da palestra, apresentaremos um estudo de caso sobre a covid-19, onde comparamos as sequências de DNA do SARS-CoV-2 (host=human) com o MASA-CUDAlign na nuvem AWS.
Local: Teams MS - Equipe PPGI-316415 Seminário, Canal Seminários 1-2021
Profa Célia Ghedini Ralha (Este endereço de email está sendo protegido de spambots. Você precisa do JavaScript ativado para vê-lo.)
Coordenadora Seminários de Pós-Graduação em Informática 1-2021